O Linux é seguro, Ubuntu é uma das muitas distro assentes em Linux.
Se apenas permitir as fontes de aplicações oficiais, nunca o seu sistema irá estar em risco desde que o mantenha actualizado. Se autorizou alguma aplicação de terceiros e dúvida dela, pode verificar se algum rootkit foi instalado no sistema.
Para instalar uma aplicação que efectue uma análise ao sistema, aceda ao 'Gestor de Pacotes Synaptic', ou desde o recente 'Centro de Software Ubuntu', procure por uma destas aplicações:
rkhunter ou chkrootkit
Terminada a instalação, abra uma sessão como 'Root' desde o Terminal e siga as instruções da aplicação que instalou.