A versão desktop do Alinex foi desenvolvida a pensar nas necessidade dos utilizadores comuns. O Alinex para desktops conta já com as ferramentas mais utilizadas pelos utilizadores, como por exempo: um cliente de email, um navegador de Web, ferramentas office, aplicacoes de video, audio e imagem, jogos, entre muitos outros. Para além de todas estas aplicações, os utilizadores podem instalar posteriormente novas aplicações.