cpulimit - Ferramenta para limitar os recursos de utilização da CPU  consumido por determinado processo.

Para a instalação, abra o terminal e digite:
$ sudo apt-get install cpulimit

Para saber qual ou quais os processos que estão a consumir demasiado cpu, abra o terminal e digite, top

Agora que já se conhece qual a aplicação e o seu PID que, está a usar demasiados recursos do processador, vamos-lhe impor um limite. 

Exemplo de utilização por NOME do processo, abra o terminal e digite o comando:
$ sudo cpulimit -e firefox -l 30 &

Exemplo de utilização por número (PID) do processo, abra o terminal e digite o comando:
$ sudo cpulimit -p 20560 -l 30 &

30, foi o valor % que se atribuiu ao uso máximo de recursos de cpu para esta explicação.

Para mais detalhes consulte a página de LimitCPU.